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泮托拉唑钠肠溶胶囊的疗程根据疾病不同而有所差异。治疗十二指肠溃疡一般需要2-4周，而治疗胃溃疡则通常为8周。用药时应严格遵医嘱，且应在餐前整粒吞服，并用温开水送服，避免使用其他饮料。

泮托拉唑钠肠溶胶囊的主要副作用包括肝脏损伤、转氨酶升高以及肾功能受损，患者可能出现失眠、头晕、嗜睡、腹泻和便秘等症状。哺乳期和妊娠初期妇女及婴幼儿禁止使用该药物。