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诊断曲霉菌病主要通过病原体检查和病理组织检查。病原体检查包括直接涂片和培养，需注意假阳性的情况。多次阳性结果和同一菌种才具备诊断价值。病理组织检查通过活检受损组织或淋巴结，特别是播散性曲霉菌病需要及时诊断。