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胃肠间质瘤医学上被认定为恶性，但与一般癌症有所区别。它生长较慢，转移速度较慢，而体积超过一定程度后生长加速。根据肿瘤大小、部位和细胞特征进行危险度分级，将其分为极低度、低度、中度和高度危险，低度以下可视为良性。