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胃肠间质瘤的手术切除标准主要是其大小界限为两厘米，然而小于两厘米的肿瘤在特定情况下，如位于结肠、小肠等，亦需切除。此外，超声内镜可识别肿瘤的危险因素，这些因素提示肿瘤的活跃度，也会影响手术决策。

目前的医学认识中，对于两厘米及以下的胃肠间质瘤，若无危险因素如溃疡、囊性变等，可以选择观察，而超声内镜是必要的检查手段。当肿瘤活跃或恶性程度较高时，则必须及时处理。

间质瘤的诊断需要超声内镜，能探知黏膜下问题及肿瘤的大小和形态。超声内镜在发现四肢病变及评判危险因素上极为重要，帮助识别是否均匀、边缘规整以及有无溃疡等特征。