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支气管镜检查比喉镜检查痛苦，但整体属于可承受范围。绝大多数成年人可以耐受，少数年长者和不配合儿童可能需麻药辅助。检查中会有呛咳、异物及轻微窒息感，配合医生做深呼吸可减少不适。喉镜检查相对浅，痛苦较小。

喉镜无法检查食管癌，因为其不进入食道。纤维电子喉镜主要检查喉咙部位。检查食管癌应选择胃镜，它可以观察食道、胃部和十二指肠的黏膜情况，并能进行活检以检验病变。

喉镜检查通常被认为比鼻咽镜检查更痛苦，主要因检查路径不同，喉部敏感导致的不自主反应，以及患者恢复时间的差异。喉镜检查可能引发咳嗽、疼痛和恶心，而鼻咽镜检查的不适感较轻。每个人的耐受度不同，医学技术的进步已减轻患者的不适。