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喉镜检查通常被认为比鼻咽镜检查更痛苦，主要因检查路径不同，喉部敏感导致的不自主反应，以及患者恢复时间的差异。喉镜检查可能引发咳嗽、疼痛和恶心，而鼻咽镜检查的不适感较轻。每个人的耐受度不同，医学技术的进步已减轻患者的不适。