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胎儿膈疝的严重程度与发现时胎龄有关，发育越晚预后越好。预后还受肺头比例和肝脏位置影响。治疗成功的患儿大多预后良好，但膈疝可导致心肺功能障碍，病死率高达40%-60%。

胎儿膈疝可以通过外科手术治疗，但风险较大。新生儿如不做手术，有75%病因在一个月内死亡，而早期手术病死率高达50%-75%。适宜的手术时机至关重要，同时通过彩超检查确认病情也是必要的。