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反流性食管炎的手术指征包括Ⅲ级、Ⅳ级反流性食管炎、重大并发症以及内科治疗无效等情况。对于食管消化性狭窄、Barrett食管等情况，药物治疗无效时也应考虑手术。此外，儿童胃食管反流引起的呼吸道并发症也需要手术干预。