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短肠综合征的治疗随着对代谢变化的认识增进和营养支持治疗的发展而改善。治疗初期重点在纠正脱水、电解质紊乱等问题，待生命体征稳定后尽早开始全肠外营养支持，经过口摄食和肠内营养制剂的支持。而小肠移植术仍面临排斥反应等问题，需慎重考虑。