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直肠肛门瘘常因肛窦感染造成组织坏死和脓液形成。脓液自行溃破后遗留瘘管。此病与肛周脓肿为同一疾病发展过程，常见外在原因有辛辣饮食、不规律作息、长期便秘和反复腹泻。治疗通常需通过手术清除感染内口以降低复发几率。