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小儿巨结肠有近期和远期后遗症，近期表现为肛门周围的炎症、渗血、溃疡及化脓，需要细致的术后护理。远期主要是大便控制不良，可能因手术操作不当或肛门括约肌发育不良，随着年龄增长，情况可能改善，个别患者可能终生存在问题。