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胚胎发育过程中，心房的原始房间隔被心内膜垫所分隔，形成左右心房，最终形成卵圆孔和继发孔。卵圆孔在出生后逐渐闭合，但20%的成人可能会遗留细小缝隙。房间隔继发孔缺损的自然闭合率整体为87%，小于3mm的缺损在一岁半内几乎可以自然闭合。