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肛瘘手术是否会导致直肠损伤取决于肛瘘的严重程度和位置。低位肛瘘通常对直肠没有损伤，而高位肛瘘在处理时可能会导致小的损伤，这种损伤一般可以忽略不计。直肠损伤与肛瘘不同，直肠损伤如果与外部连通则称为直肠瘘。