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肛瘘手术并非简单，分为高位肛瘘和低位肛瘘，后者相对容易。手术的成功与否取决于医生的经验、肛瘘的复杂程度以及实际操作环境。因此，不能一概而论手术的复杂性。

肛瘘手术的时间主要取决于术式和复杂程度。一些简单手术如切开术和挂线术通常需10到20分钟，而复杂的微创手术可能需半小时或更长。多个瘘管的手术可能耗时几小时。一般而言，大部分肛瘘手术在半小时内完成。