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肛周脓肿一旦形成，必须进行手术治疗，否则90%以上会形成肛瘘。对于尚未形成脓肿的肛窦炎，可以采取保守治疗，如消炎药和消炎栓。形成硬结的脓肿则应进行根治术，防止进一步恶化。

肛周脓肿的首选治疗是手术，但在忙碌时可暂时用抗生素控制感染，如左氧氟沙星和头孢类药物。同时，局部治疗如坐浴、拔脓药膏及消炎栓剂也很重要，以减小脓肿范围，为后续手术创造条件。

肛周脓肿术后需注意外洗中药，定期复查以观察肉芽生长。建议坐浴，使用促进愈合的药膏。饮食上患者可适量吃肉以助愈合，并注意充足睡眠与休息。

肛周脓肿术后需定期护理，主要通过中药坐浴、保持局部干燥及红光治疗，促进脓液排出和肉芽生长。建议每两三天复查，确认肉芽生长情况，避免假性愈合。

肛周脓肿在根治术中通过切开处理，创口因污染不可缝合，需保持引流通畅以避免感染。创口将自下而上愈合，最终恢复正常。有效引流是治疗关键。

肛周脓肿有两种主要手术方式：切开引流术和根治术。切开引流术可能导致肛瘘，因为内口未处理；而根治术则在切开引流的同时处理内口，能有效防止肛瘘的形成。从1993年毕业以来，科室一直采用根治术，以期一次性解决问题，避免二次手术。