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对于良性胃肠间质瘤，低复发风险患者可不需药物；中、高危患者术后应进行辅助治疗。中危患者可用伊马替尼超过一年，高危患者则至少三年。耐药患者可提高剂量或选用舒尼替尼等二线药物。

伊马替尼对中高危复发风险的胃肠间质瘤患者推荐用作辅助治疗。研究显示，完整切除术后使用一年可提升无复发生率。研究还发现c-kit外显子11突变与PDGFRA非D842V患者获益较大，而D842V突变与野生型则未获益。推荐剂量为每天400毫克。

胃肠间质瘤可分为可治愈和可控制的两部分，低风险和极低风险肿瘤可通过手术或内镜治愈，而中等风险以上存在复发风险。手术切除后的复发率约30%，而使用伊马替尼等药物可达到50%以上的控制率。