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肉芽组织增生的处理方法依据患者不同情况而定。若属正常现象，则无需特殊处理；如伴有过度增生需适当修剪。严重感染时需切除异常增生的肉芽组织，并送病理检查，以防肿瘤细胞转移，影响患者生命。

肛周脓肿手术后，肉芽组织正常生长，用于填充坏死腔隙。若肉芽生长高于皮肤，妨碍皮肤生长则需要修剪，以促进愈合。