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有些肠易激综合征患者会自愈，尤其与精神心理因素相关。治疗应根据严重程度进行分级，采用个体化措施，主要使用解痉剂、通便剂及止泻剂等药物，并可根据需要使用帮助睡眠的药物。

肠易激综合征的确诊通常需要多年，患者平均花费2.7年。根据2006年罗马三标准，若最近三个月内每月至少有三天腹痛或腹部不适，并伴有指定特征，可进行初步判断。特征包括腹痛减轻的情况、排便频率的改变及大便外观的改变，且这些症状需持续至少六个月。

肠易激综合征是一种功能性疾病，而胃肠炎则为器质性疾病。两者均表现为腹痛和腹泻，但肠易激综合征的检查通常是阴性，无法发现形态学或生化异常。相反，胃肠炎由感染引起，经常检测到病原体并可见胃肠道损伤。