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胃底部间质瘤需要切除，手术是唯一治愈方法。手术方式包括内镜下手术和外科手术。患者需先进行综合检查评估手术指征和身体状况。肿瘤如果小且局限，可考虑内镜下切除，但若肿瘤较大且侵犯周围器官，则需外科手术。部分患者可考虑短期靶向治疗以缩小瘤体后再手术。