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先天性肺囊肿的治疗原则是，病灶直径超过两个公分一般需要手术，少于两公分通常不需手术。产前诊断的病例，手术概率达到90%以上，少于10%的孩子不需要手术，因此大多数孩子都需接受手术治疗。

先天性肺囊肿的手术通常通过择期手术切除，微创技术使手术效果理想。术后孩子可在2至3天内恢复正常，且快速康复无管化治疗减少了恢复时间。重点在于预防和管理并发症，以控制其发生。

先天性肺囊肿的手术主要依赖微创技术，手术并发症降低。手术前后两周内应避免接种疫苗，并尽量不感冒。建议小孩在最佳手术年龄半岁进行手术，避免在皮疹或皮肤感染期间手术。同时，术前6小时需禁食禁水以预防麻醉意外。

房间隔缺损的临床表现因缺损大小和左右房压差异而异。小缺损一般无明显症状，而大缺损可导致肺部血流增加，引发感冒和肺炎，并影响生长发育。小缺损可持续观察，可能与偏头痛相关，建议在成年前进行介入封堵。

室间隔缺损分为三类：膜周部缺损可能有自愈倾向，建议观察；肌部室缺和主动脉瓣下的室缺需早期手术，因其不易自愈，且会影响主动脉瓣功能。小的膜部瘤可定期观察，三岁后如未愈合需手术。

先天性心脏病如法洛氏四联症应早期手术以改善心脏畸形和生长发育，但因新生儿体重小、脏器未成熟，手术风险增加。临床上需根据患儿表现决定手术时机，严重缺氧的患儿可能需尽早进行手术。