试管婴儿的弊端为任何事物都有其不利之处，若女性的身体不具备孕育条件，身体不适或者有过流产史，可能会造成即使试管婴儿手术成功也会有流产的情况。再者有很多机构对于精子没有严格把关，精子来源不明，那么就无法保证胎儿质量，患者一定要选择正规的医院做试管婴儿。另一方面做试管婴儿可能会对女性的生理有一定的干扰作用，这也是不利的一方面。当然，经过几个月的恢复，一般影响不大，不会有后遗症。