在临床上，手术治疗肛瘘的基本原则包括： 第一，一定要把肛瘘的内口以及瘘管切除干净，不然的话术后很容易复发。 第二，一定要保持引流通畅，避免形成脓腔。 现在临床上治疗肛瘘的手术方式主要是肛瘘切开术，肛瘘切除术以及肛瘘挂线术等等。

在手术以后一定要建议患者积极的进行肛周，温热水坐浴，每天1到2次，每次10到15分钟，保持肛周的清洁卫生，保持引流通畅，避免饮酒吸烟，熬夜避免频繁的剧烈运动，长时间蹲坐。