如果肛瘘患者不行手术治疗，瘘管内反复会出现急性感染，严重的会再次形成肛周脓肿，然后脓腔有可能会向周围组织再次出现破溃，从而将单纯性肛瘘变成复杂性肛瘘，增加手术治疗难度。还有由于肛瘘外口时常会有反复流脓，肿痛，局部炎症的刺激有可能会导致局部的变性，甚至产生恶性肿瘤的可能。

在手术之后也一定要注意多喝水，多吃新鲜蔬菜和水果，不要吃辣，不要熬夜，少吃油炸的食品，养成定时排大便的行为，另外，也一定要按时进行换药，主要的目的就是防止肛瘘术后的复发。