盐酸奈康唑乳膏的作用机制是通过直接损伤真菌细胞的细胞膜和抑制真菌细胞的构成成分麦角甾醇的合成这两种途径，发挥其对敏感真菌的杀菌和抑菌双重作用，进而治疗多种真菌感染引起的皮肤病。

同时，盐酸奈康唑乳膏还能够蓄积在皮肤角质层，长时间发挥药效。在治疗皮肤真菌病时，高浓度盐酸奈康唑乳膏能够干扰真菌细胞正常的新陈代谢，导致真菌生长停滞、繁殖率下降，甚至可导致真菌细胞死亡，进而治疗真菌感染引起的多种皮肤病；停药后的4周内，低浓度的盐酸奈康唑乳膏仍能持续发挥作用，能够破坏真菌细胞细胞膜的结构（主要成分是麦角甾醇）和功能，从而抑制真菌的生长，减少真菌感染的复发率。