唇腭裂的致病因素非常复杂，环境与基因的交互作用和在不同的遗传背景下基因的表现型并不一样，细胞因子、受体和信号转导通路在基因表达调控中的作用，是唇腭裂发病机制研究的关键，真正在细胞分子水平上明确唇腭裂的发病机制。

母亲在怀孕期间要补充叶酸，避免吸烟或吸二手烟、饮酒、服用某些药物或毒品，接触放射线或者感染可能致畸的细菌或病毒，加强孕期检查。