错颌畸形的病因可分为内在的遗传因素和外界的环境因素。 错颌畸形的遗传因素，来源于种族演化和个体发育。种族演化主要是人类在数十万年的进化过程中，随着食物性质的改变，逐步导致人体咀嚼器官产生退化。在咀嚼系统的退化程度方面，咀嚼肌退化程度最大，颌骨次之，牙齿最小。颌骨与牙齿退化程度不一致，导致牙量和骨量的不协调，牙齿产生拥挤，错合畸形由此出现。个体发育与其它遗传特征一样，错合畸形也可以由亲代遗传给子代。父母双方牙合形态差异较大者，子代通常更容易患错颌畸形。遗传因素在错颌畸形的病因中占比生较高。 环境因素包括疾病因素，口腔不良习惯，儿童替牙期常因局部障碍造成错颌畸形。