先天性巨结肠的后遗症有些可以药物治疗，如腹泻可用思密达、腹胀或便秘可用双歧四联活菌等。大便失禁则无药物治疗。用药需在医生指导下进行。

头顶凹陷可能因颅骨凹陷导致，如果没有头疼、恶心、呕吐等症状，通常问题不大。应补充维生素D和钙，食用富含维生素B和氨基酸的食物。新生儿颅骨有间隙，后卤在生育不久后闭合，如出现低于颅骨的凹陷，常因脱水引起。