治疗肺栓塞通常应用溶栓药物和抗凝药物。临床上根据肺栓塞的危险程度治疗，大面积肺栓塞患者予以溶栓和抗凝治疗，非大面积肺栓塞予以抗凝治疗，常使用肝素、低分子肝素、华法林等抗凝剂，可以防止新的血栓形成，防止局部血栓进一步的扩大和延伸，防止栓塞的复发等，还能降低致死性肺栓塞的发病率。常用的溶栓药物例如尿激酶、瑞替普酶。

大面积肺栓塞患者通过使用溶栓药，能促进静脉血栓和肺血栓的溶解，快速改善肺血流动力学，改善患者临床症状，降低病死率等。故抗凝药、溶栓药是肺栓塞治疗的基础用药和主要用药。