指甲里面有黑线有点疼可能由多种因素导致，如外伤、甲癣、甲母痣等。

1、外伤：

是导致指甲内出现黑线的常见原因。当指甲受到挤压或撞击时，甲下毛细血管可能会破裂出血，形成瘀血，表现为指甲内的黑线，并可能伴有压痛。

2、甲癣：

这是由甲板或甲床受到真菌感染所致，会导致指甲颜色变暗、增厚，并在指甲内部形成细小的黑线。治疗甲癣通常会用到抗真菌药物，如盐酸特比萘芬乳膏、硝酸咪康唑乳膏等，以消除致病真菌。

3、甲母痣：

这是一种长在指甲根部的痣，由于指甲部位黑色素沉积而形成。如果指甲部位出现这样的黑线，建议及时去医院就诊，并在医生的指导下进行激光治疗。

除了上述原因，营养不良、不良生活习惯、梅格斯综合征以及恶性黑色素瘤等也可能导致指甲内出现黑线。因此，一旦发现指甲异常，应及时就医进行专业评估和治疗。