芽孢通常是一种特殊的细菌结构，主要存在于某些细菌中，尤其是芽孢杆菌属、芽孢乳酸菌属以及梭状芽孢杆菌属。

通常是由细菌在其生命周期中的一个特定阶段所形成的。芽孢通常在营养条件不足的情况下，呈圆形以及椭圆形的小体，而且含有较低的水分，但是具有较强的抗逆性，可以承受极端环境条件，比如电离辐射、高温及紫外线等，芽孢的壁比较厚，通常不透水，所以在煮沸下可以长时间存活。同时芽孢的壁含有特殊的肽聚糖，使其与营养细胞的细胞壁有所不同。芽孢并非细菌的繁殖体，而是在特定的条件下，通过细菌的包浆以及和制浓缩脱水，而形成的休眠状态。在适宜的环境中，芽孢可以萌发出新的细菌个体，恢复繁殖能力和生长能力。

杀灭芽孢的有效方法，通常是使用高压灭菌以及其他高压蒸汽灭菌法，通常芽孢在自然界中可以存活数10年，甚至在煮沸的条件下，也可以存活数小时。