治疗口腔菌群失调并没有绝对的“最好”药物，需要根据具体情况选择合适的治疗方式。

口腔菌群失调通常是由于长期使用抗生素、口腔卫生不良或疾病因素引起的。这可能导致口腔内有益菌减少，有害菌增多，从而引发口腔问题，如牙龈炎、口腔溃疡等。

在治疗方面，可以使用含有益生菌的口腔含漱液，这些益生菌可以帮助调节口腔菌群平衡。局部应用抗生素，如复方氯己定含漱液，也能有效抑制有害菌的生长。此外，含漱液，如复方硼砂含漱液，也能够调节口腔菌群，改善口腔环境。

在日常生活中，保持良好的口腔卫生习惯非常重要。每天早晚刷牙，使用牙线清洁牙缝，定期到口腔医院进行口腔检查和洁牙。避免长期使用抗生素，如有需要应在医生指导下使用。饮食方面，应多吃一些富含维生素和纤维素的食物，如新鲜蔬菜和水果，避免过多摄入糖分和加工食品。

治疗口腔菌群失调需要综合考虑多种因素，选择合适的药物和方法。同时，保持良好的口腔卫生习惯和生活方式，能够有效预防和改善口腔菌群失调问题，维护口腔健康。