环孢素浓度过高发生副作用的可能性会增加，浓度不够，又起不到应有的作用，在服药期间也要定期检测环孢素浓度，以免因为体重变化等因素影响疗效。

环孢素常见的副作用有肝肾功能损害，齿龈增生、水肿、血压高等，用药期间需要监测肝肾功能指标，监测血压，齿龈增生显著的病人可尝试口服阿奇霉素，或可减轻。

服用环孢素时，首先应注意正确的服药方法，即按时服药，整粒吞服，服药时尽可能与牛奶或果汁饮料同服，因为环孢素是亲脂分子，口服吸收慢且不完全，当与某些食物同服时，尤其是脂溶性食物、果汁或其他饮料同服会使峰浓度、谷浓度都增高，从而提高其生物利用度。