发生草甘膦中毒时，首先要进行清洗排毒。对于皮肤的污染可以用肥皂水和清水洗净。眼内的污染用2%的碳酸氢钠冲洗。如果是经口摄入，为了减少吸入性肺炎的机会，不宜催吐，洗胃提倡用手动的胃管吸注式，动作最好要轻柔。可以选用2%到30%的氧化镁乳液或者是0.3%到0.5%的药用碳悬液。

严重中毒的患者可以早期做血液透析，血液灌流或者是血浆置换术以清除血中的毒物。同时要注意对症支持治疗，重点应该放在控制吸入性肺炎，肺水肿，顽固性低血压，休克和抽搐，昏迷等疾病上，呼吸衰竭以及休克是重要的致死原因，应该注意早期防治，同时要适当的使用抗生素，防治继发感染，尤其是肺部感染。