治疗幽门螺旋杆菌的药，通常要服用一至两周，服用完后需要停药四周以上，然后复查，碳十三或碳十四呼吸实验，以确定是否根治幽门螺旋杆菌。

治疗幽门螺旋杆菌的药物主要是以胃三联用药和胃四联用药为主，其中胃三联用药为质子泵抑制剂加两种抗生素，质子泵抑制剂可以选用奥美拉唑、兰索拉唑，而两种抗生素，常选用为阿莫西林加克拉霉素或替硝唑加克拉霉素。

胃四联用药为质子泵抑制剂加两种抗生素加胶体果胶铋，胃四联与胃三联的区别主要是家用胶体果胶铋类，质子泵抑制剂加两种抗生素加胶体果胶铋，通常情况下，在三联用药没有得到根治性效果时，再次选用四联用药治疗。