核磁共振在肛瘘的检查中有着重要的应用价值，肛瘘是指肛门周围的肉芽肿性管道，通常由内口、瘘管、外口三部分组成，是一种常见的肛肠科疾病。常常迁延不愈，反复发作，在肛管周围形成脓肿，必须手术治疗。

核磁共振的图像能直接显示出肛肠、肛瘘形态、走行与肛门内外括约肌、肛提肌的关系，相对其他的影像学检查方法具有独特的优势。具有无创性、高准确性的特性，对临床选择正确的治疗方法具有重要的意义。