流脑的传染源是带菌者和病人，病人从潜伏期末开始到发病十天内具有传染性，健康带菌者因为无临床症状，这部分人比病人多十到二十倍，不容易被发现，所以带菌者作为传染源的意义更大。

脑膜炎双球菌存在于病人或带菌者的鼻咽分泌物中，经咳嗽、喷嚏、说话等由飞沫从空气中传播，由于病原菌在体外生活力极弱，通过日常用品间接传播的机会很少，但密切接触例如同睡、怀抱、喂乳、接吻等对两岁以下的婴儿传播有重要的意义。

由于冬春季室内活动增多，人们之间接触频繁密切，有利于流脑的传播和扩散，人对流脑普遍易感，但小儿患病比较多见，患病后可以获得持久的免疫力，很少有人会再次得流脑，通过隐性感染获得的群特异性抗体效价较低，只能保护机体免于发病，不能防止再感染。