脑膜炎奈瑟菌和淋病奈瑟菌两种病菌，在许多方面有着明显的不同，首先，淋病奈瑟菌引起的主要是性传播疾病，主要是生殖器官感染，脑膜炎奈瑟菌引起的主要是中枢神经系统感染，容易引起细菌性脑膜炎。

此外这两种病菌感染在临床症状上也有明显的不同，病菌所导致的致病部位也不同，所以与这两种病菌感染后，患者所采取的治疗方式也是不相同的，需要到正规的医院进行详细检查后，再采取相应的治疗措施。