重组疫苗是通过遗传学技术，将抗原成分重组而制成，灭活疫苗是通过物理或化学手段，将病原微生物灭活而制成的疫苗，区别在于制备方法不同、抗原来源不同、接种剂次不同。

1、制备方法不同：重组疫苗制备方法有很多，如重组蛋白疫苗技术，在非致病性微生物体内插入病原体基因，而后转入其他细胞内进行繁殖表达，最终制成重组疫苗；而灭活疫苗是利用射线等物理手段，或甲醛等化学手段，对病原体进行处理，使病原体失去病毒活性，但保留免疫原性的一种疫苗。

2、抗原来源不同：重组疫苗主要是通过在其他细胞内繁殖后产生的抗原蛋白，注射进入机体内发挥免疫作用；灭活疫苗是一种死疫苗，在体内并无繁殖能力，主要是通过产生病原微生物的抗原，对免疫细胞产生刺激作用，使机体出现特异性免疫细胞，从而达到免疫效果。

3、接种剂次不同：重组疫苗通常接种三剂次，间隔时间约4周及以上；灭活疫苗通常需要接种两剂次，间隔时间约3周。