一般自免肝4项指标阳性才能确诊。包括包括抗核抗体、抗线粒体抗体、抗肝肾微粒体抗体和抗平滑肌抗体阳性。

自免肝是自身免疫性肝病的简称，自身免疫性肝病是一大类疾病，包括原发性胆汁性肝硬化、自身免疫性肝炎以及原发性硬化性胆管炎。此类疾病最常用的临床化验指标有肝脏自身抗体，肝脏相关自身抗体中包括抗核抗体、抗线粒体抗体、抗肝肾微粒体抗体和抗平滑肌抗体等。此类指标的单项、双项或多项阳性分别对不同的自身免疫性肝病，有不同的提示意义。

除此之外，还要结合肝功能的化验及肝脏的影像学检查。如原发性硬化性胆管炎通常为抗核抗体阳性，同时伴有抗平滑肌抗体阳性，此外肝脏核磁通常伴有肝脏胆管的串珠样改变。原发性胆汁性肝硬化的特征性指标是抗核抗体和抗线粒体抗体阳性，同时需结合肝功能检查或肝脏影像学检查，其中的金标准是肝组织穿刺，观察肝组织活检的结果，从而进行诊断。