毛发验毒的弊端是需要专业实验室，鉴定人等，成本较高。

毛发验毒的原理是毒品能在毛发中长期、稳定的存在，毛发中检测出毒品可作为认定吸毒的标准。毛发包括头发、汗毛、阴毛等体毛，一般贴近皮肤3厘米即可检测，即使暂时没有可用毛发，等其重新生长出来即可取材检验。此外，毛发验毒不受染色、药物等影响，具有方便采集、保存、重复性好等优点，还可以评估一段时间内的吸毒情况，信息更为全面，但是毛发验毒需要专业的实验室和检验人员，与血液、尿液等检测方法相比成本会更高。

毒品进入人体后，随着头发的不断生长，毒品及其代谢物会随着头发长出头皮，从发根端不断向发梢端迁移。因此，头发通常可以反映三天前的吸毒行为。如果头发足够长，通过分段检验能够反映数月内的吸毒行为。
需要特别注意的是吸食毒品是百害无一利的，所以对于吸食毒品的人群建议尽快戒除毒品，建议多一份责任心，多一份识别力，远离毒品。