男性衣原体感染多因不洁的性生活或接触携带衣原体患者的衣物所致。临床治疗一般以药物为主，主要是应用一些抗生素来抗感染治疗，常用药物有四环素、红霉素、阿奇霉素、多西环素等。

衣原体的致病机理是抑制被感染细胞代谢，引起变态反应和自身免疫。其感染后获得的特异性免疫力较弱，持续时间短，易反复感染，清除不完全可造成持续感染。

男性衣原体感染的症状多表现为尿道内不适，刺痛及烧灼感，并伴有不同程度的尿频、尿急、尿痛，尿痛较淋病为轻。尿道口轻度红肿并有浆液或黏液脓性分泌物，稀薄而量少，长时期不排尿或早晨首次排尿前可见尿道口分泌物污染内裤。分泌物少时，于晨起挤压尿道可能会流出少量黏液，还可能会伴随有附睾炎，表现为附睾肿大、发硬且有触痛，如累及睾丸时可出现疼痛、触痛、阴囊水肿和输精管变粗等。