主要用于厌氧菌和滴虫引起的感染的药物是甲硝唑类和替硝唑类，可配合使用头孢菌素类药物等。

甲硝唑类的药物，包括甲硝唑栓、甲硝唑泡腾片、甲硝唑片等。在临床上，甲硝唑作为治疗滴虫的一线药物，经常用于治疗女性滴虫性阴道炎。由于甲硝唑有可能会杀白细胞，造成机体抵抗力下降，并且有可能会引起胃肠道反应等，建议在医生的指导下用药。

替硝唑类的药物，主要有替硝唑泡腾片、替硝唑栓、替硝唑片等。药物使用中可能会引起胃肠道反应、尿路感染，甚至是过敏反应等，需要在医生的指导下用药。这两种药物可以局部或全身应用，治疗厌氧菌和滴虫引起的感染。

由于厌氧菌与需氧菌之间伴有协同作用，因此在治疗厌氧菌感染时须分别采用对需氧菌和厌氧菌敏感的药物，如头孢菌素类药物，头孢哌酮、头孢噻肟对需氧菌和厌氧菌均有效，可以在医生的指导下配合全身使用治疗。