指甲上出现凹陷小坑可能由多种因素引起，包括营养不良、外伤以及某些疾病的影响。

营养不良是导致指甲凹陷的常见原因之一。当身体缺乏必要的维生素和微量元素，如铁、锌等，指甲的生长和发育就会受到影响，从而出现凹凸不平的现象。例如，缺铁性贫血患者就常常会出现指甲凹陷的症状。

外伤也是造成指甲凹陷的一个重要因素。指甲在受到外力撞击或挤压后，可能会损伤到甲床，进而影响指甲的正常生长，导致凹陷小坑的出现。

某些疾病也可能引起指甲凹陷。比如真菌感染导致的甲癣，就会破坏指甲的结构，使其变得脆弱易损，出现凹陷和裂纹。还有一些系统性疾病，如风湿热、甲亢等，也可能通过影响甲床的血液微循环而导致指甲发育异常。

针对指甲凹陷小坑的问题，治疗时应根据具体原因采取相应的措施。对于营养不良引起的凹陷，可以通过改善饮食，增加富含维生素和微量元素的食物来调理。对于外伤导致的凹陷，则需要注意保护指甲，避免再次受伤，并可在医生指导下使用适当的药物促进指甲修复。若是疾病引起的凹陷，则需积极治疗原发病，以改善指甲的健康状况。