男性HPV16阳性的治疗方法因个体情况而异，需根据是否有症状及皮损情况来制定治疗方案。

对于已经出现肉眼可见皮损，如尖锐湿疣的患者，应及时采取激光、冷冻等方式去除疣体，并配合使用抗病毒药物如干扰素凝胶进行局部治疗，以减少复发几率。同时，患者可在医生指导下全身应用抗病毒药物，并结合免疫疗法，如使用胸腺肽胶囊来提高免疫力，促进疾病康复。

若男性HPV16阳性但无明显皮损，可先进行醋酸白试验以判断是否存在亚临床感染。若试验结果阳性，也需积极进行治疗，治疗方法与有皮损情况类似。若试验结果阴性且无明显症状，可暂时观察，定期复查HPV16。部分感染者在自身免疫力作用下，可能在0.5-1年内清除病毒，无需急于治疗。但若反复检查均为阳性，建议使用抗病毒药物进行外涂治疗，并定期复诊以确保治疗效果。

在治疗期间，患者应注意饮食清淡、加强锻炼以增强体质，并避免通过性行为等途径传染给他人。