一般情况下，引起自闭症疾病的病因通常有遗传因素、脑部器质性变化因素、神经生化因素、免疫学因素等。
1、遗传因素。遗传因素可能会引起患者患有自闭症，遗传是具有多样性的，可能在遗传的过程中发生了突变，与某类异常的染色体共同作用下，由环境因素导致患有自闭症。
2、脑部器质性变化因素。如果患者本身患有癫痫，神经系统软体症等脑部疾病时，可能此类疾病会引起脑室扩大、脑干缩小、小脑蚯蚓部小叶发育不良等，导致出现中枢神经异常，致使患者患有自闭症。
3、神经生化因素。可能是由于5-羟色胺异常、高香草酸水平异常、5-羟吲哚乙酸异常等导致患者中枢神经异常，患有自闭症。
4、免疫学因素。可能部分患者免疫系统异常，T淋巴细胞辅助T细胞等异常导致患者体质下降，中枢神经受损，从而患有自闭症。