两岁孩子自闭症的原因有遗传因素、脑功能及脑发育异常、环境因素等。

1、遗传因素：如果患者的父母有自闭症，孩子患病几率就比较高。如果自闭症患者的母亲再次怀孕，第二个子女的自闭症患病危险率为5%，一些自闭症患者的父母和其他亲属也有社会交往障碍和重复刻板行为，自闭症家系中双相障碍等情绪障碍的发病率高于普通人群。

2、脑功能及脑发育异常：自闭症患者一些脑器的功能异常、5-羟色胺等神经递质的水平异常。自闭症可能是调控脑发育和神经细胞之间连接的基因异常，导致胎儿早期脑的正常发育受损导致，从而导致两岁孩子自闭症的发病率也高。

3、环境因素：比如家庭关系不和睦，或者是母亲在怀孕期间盲目的用药以及情绪不稳定的因素所致。患者不能和他人进行眼神交流，并且还会出现目光逃避或者是重复刻板行为，严重的还会影响到语言功能。