胃肠道间质瘤的转移途径主要有两种，一种是会通过血液系统向远处脏器进行转移，例如肺转移、肝转移；一种是会向腹腔进行转移，主要转移在腹膜部位。

治疗胃肠道间质瘤一般选择手术治疗为主，将肿瘤切除，如果肿瘤比较大，可先进行靶向药物治疗，将肿瘤缩小以后再进行根治性手术切除。