吃饭时耳朵根咯噔咯噔响可能是耵聍栓塞、分泌性中耳炎、外耳道炎等因素导致，需要及时配合医生治疗。

1、耵聍栓塞：通常是指耵聍腺分泌旺盛或者是耵聍排出障碍导致耵聍积聚过多，堵塞外耳道，患者通常会出现耳道瘙痒、听力减退等症状，还有可能会出现患者所述情况，可以在医生指导下将耵聍取出。

2、分泌性中耳炎：考虑由咽鼓管功能障碍、中耳局部感染、变态反应、气压损伤等原因引起咽鼓管黏膜水肿，血管内液体漏出，聚集在中耳鼓室内形成积液，导致患者出现听力减退、耳痛等症状，还会出现上述症状，可以在医生指导下通过罗红霉素胶囊、头孢呋辛酯片、醋酸地塞米松片等药物治疗。

3、外耳道炎：通常是一种感染性疾病，通常由外耳道皮肤外伤、耳道积水、炎热潮湿的环境等引起耳道出现炎症反应，通常会出现外耳道皮肤水肿、皮肤表面渗液、脱屑等症状，病情严重时还会出现上述症状，可以在医生指导下通过盐酸环丙沙星片、制霉菌素片、醋酸泼尼松片等药物治疗。

除以上常见因素外，通常还包括神经性耳鸣等，应养成良好生活习惯，注意休息，保证充足睡眠，避免熬夜。