单侧耳朵根部一阵一阵抽疼可能是毛囊炎、急性化脓性中耳炎、流行性腮腺炎等原因引起，可以选择外用药物、口服药物等方法治疗。

1、毛囊炎：

毛囊炎可能是不注意卫生或者细菌感染等导致，使耳朵部位的毛囊以及周围组织出现炎症病变，还会因为炎症刺激而引起疼痛感，并伴有皮肤丘疹、肿胀、瘙痒等症状，可以在医生的指导下使用红霉素软膏、莫匹罗星软膏、夫西地酸乳膏等药物治疗。

2、急性化脓性中耳炎：

急性化脓性中耳炎是由细菌感染导致，会使患者出现耳内疼痛，如果病情比较严重，可能会使疼痛放射至耳朵根部，如果发生了鼓膜穿孔，也会引发流脓、听力减退等症状，可以在医生的指导下服用阿莫西林胶囊、罗红霉素胶囊、头孢呋辛酯片等抗生素药物治疗。

3、流行性腮腺炎：

流行性腮腺炎是腮腺炎病毒感染导致，能够通过呼吸道进入体内，并在局部大量繁殖后引发炎症和免疫反应，还会出现腮腺肿大、发热、疼痛等，并且会以耳垂为中心向周围发展，可遵从医嘱应用利巴韦林胶囊、布洛芬缓释胶囊、蒲地蓝消炎口服液等药物治疗。

除了以上原因外，还可能是偏头痛等引起，患者需要注意休息，不可以过度劳累，并保持局部清洁干净。