智齿把嘴巴里面的肉磨破了需要及时处理，以下是一些具体的方法：

如果智齿只是轻微磨破口腔黏膜，没有引发疼痛或炎症，可通过调整饮食和注意口腔卫生来缓解。避免吃过硬、过烫、辛辣等刺激性食物，以免加重疼痛。饭后用温盐水漱口，保持口腔清洁，防止细菌滋生。

若情况较为严重，出现明显疼痛、红肿或溃疡，可在医生指导下使用消炎止痛药物，如复方氯己定含漱液，帮助消炎杀菌，缓解疼痛。同时，可配合服用维生素B，促进黏膜修复。

若智齿位置不正，反复摩擦口腔黏膜，应及时到医院就诊，考虑拔除智齿。拔除前需进行全面的口腔检查和拍片，了解牙齿生长情况和周围组织情况，制定合适的拔牙方案。拔牙后需遵医嘱做好护理，保持口腔卫生，防止感染。

总之，智齿把嘴巴里面的肉磨破了要根据具体情况采取相应措施，必要时及时就医。